大蒜茎的生长情况直接影响大蒜吸收营养成分、运输储藏安全和大蒜产量与品质。
大蒜茎可以细分为真茎、假茎、鳞茎三种，但是假茎和鳞茎不是茎。真茎生长在地下短缩成盘状，称为盘茎，盘茎下部生根，上部生芽和叶，中央着生顶芽，在一定温度和光照条件下顶芽分化成花芽，然后伸长成蒜薹。
在顶芽分化的同时，周围又分化出侧芽，这些侧芽就是蒜瓣的原始体，侧芽周围分化出叶子。当大蒜鳞茎长成后，在高温条件下，盘茎逐渐木栓化老化变硬，形成盘踵。
盘踵具有阻止蒜瓣水分损失和阻止外部水分渗入蒜瓣的作用，有利于大蒜的保鲜贮藏，安全度过休眠期的作用。
大蒜的茎退化为扁平的茎盘，在生长后期，蒜瓣发生后，由茎盘、叶鞘及蒜瓣共同形成鳞茎。大蒜茎盘的基部及边缘着生根，其上部长叶及芽，其中顶芽着生于中央，为数层叶鞘所包被。随植株的生长，茎盘也进行加粗生长。大蒜的假茎长在茎盘上，有支撑叶片，与茎盘共同进行输导水分养分的作用。
在蒜薹伸长前，假茎是主要的营养储藏器官。假茎也随叶片的增多而长高并加粗，但与品种及生长条件有关。
假茎是大蒜植株生长过程中随叶数增加，叶鞘逐渐套叠增粗形成的，支撑叶身，保持地上部直立，是营养物质的临时贮藏器，可将经过光合作用后的产物暂时贮存起来，瓣形成时假茎中的营养输送到蒜瓣中，当营养物质输出完后，假茎基部干缩成膜状，包裹在鳞茎外面，称为蒜皮，这样可有效防止蒜瓣中水分流失，假茎的作用主要是对大蒜的运输、贮藏进行保护。蒜瓣是由茎盘上蒜薹基部的侧芽发育而来，蒜瓣肥厚多汁，外围有多层薄膜包被，底部中央有短小的胚芽。