施肥用药不当，如果是大蒜刚出苗不几天就出现根系腐烂，多数情况是施肥用药不当造成烧苗，从而引起大蒜根系腐烂。
行情比较好的年份，种植户都想增加大蒜产量，因此都会增加用肥量，施肥过量极易造成烧苗的情况，特别是施用氮含量偏高的肥料。
另外一种就是施用未腐熟的有机肥，未腐熟农家肥施入土壤后进行二次发酵，造成烧苗，引起大蒜根系腐烂，甚至死棵的情况。
拌种剂施用不当或者施用过量，也容易造成烧种，使得大蒜出苗后出现根系腐烂。
土壤含水量过大 土壤长时间湿度过大，或者田块排水不良，有积水，导致大蒜根系呼吸受阻，从而造成大蒜根系腐烂。
病虫害 最近几年，造成大蒜根系腐烂的情况，多数是由病虫害引起，大蒜细菌性软腐、白腐病都会造成大蒜烂根。
蒜蛆、韭蛆、根螨也会造成大蒜根系腐烂，造成减产。特别是在大蒜出苗后，持续出现气温偏高的情况，蒜蛆、根螨危害加剧。
蒜种问题 如果蒜种贮存期管理不当，通风不畅，或者高温暴晒， 极易造成霉变。
造成机械损伤的蒜种也比较容易出现根系腐烂的情况。
