种子处理是培育健康壮苗的首要环节。辣椒的很多病害可以通过种子进行传播，因此防病必须从种子处理开始做起。播种前将种子进行浸种消毒等等，有助于杀灭附着在种子上的病菌，减少苗期和移栽后的病害，达到培育壮苗的目的。另外，冬春季催芽也是种子处理的环节，可以使种子出芽整齐，缩短育苗时间。
一、晒种
1.晒种可以促进种子更好的成熟，同时也降低了种子的含水量，改善种皮的通气透水性。增强种子的吸水能力，同时种胚受了阳光的照射，播种后对增强种子活力，提高发芽率，使辣椒出苗快，出苗率高，提高种子的成活率以及日后的产量。还兼有一定的杀菌消毒作用．特别用陈种子播种，播前一定要晒种，其效果尤为显著。
2.晒种方式：将种子薄薄的摊在芦席或簸箕上，晒种顾名思义要将种子放在阳光下进行晾晒，在通风的地方晾晒1天。注意避开中午高温时节，以免晒伤种子。
二：种子消毒
辣椒种子可携带炭瘟病、痘病、猝饲病、立桔病、疮痂病等多种病害的病原菌。播种前对种子进行消毒处理，是防治病害简便易行的方法之一．
1.热水烫种
为杀灭附在种子表而和潜伏在种子内部的病菌，可用热水烫种：先将种子放在常温水中浸15分钟，把种子用水浸胀，可减少烫种时对种子发芽的影响，并促使种子上的病原菌萌动，容易烫死，把浸胀的种子沥干水，然后将种子投入55℃左右的热水中烫种15分钟。
水的体积是种子的5倍左右。烫种过程中要及时补充热水，要不断搅拌、使种子受热均匀，达到烫种时间后将种子转入30℃的温水中继续浸泡4小时。（注意：处理时要用温度计一直插在热水中测定水温，以便随时按要求调节。）
为保证杀菌消毒的效果，一是要确保水温。插入一根温度表，当水温一下降就加热水。二是要达到规定的烫种时间，烫完种立即把种子从热水中取出，投入冷水中冷却，以免余热伤害种子。
2.药剂消毒，先用—般的温水将种子预浸4-5小时，起水后再浸入植农增产素溶液（ 一红一白5公斤水）中浸30分钟，对防治辣椒病毒病、疮痂病，青枯病效果较好。浸种后凉干催芽或直接播种有促进早熟、增产的作用。
