一、育苗棚址选择
宜选择在地势平坦和背风向阳的地方，避免棚内湿度过大，引起绿藻发生对烟苗的影响。
二、育苗盘选择
使用黑色水盘和苗盘，以减少光照的影响。选用标准的育苗盘，以减小水盘和苗盘之间的间隙，避免水盘中的营养液接触阳光，减少绿藻的发生。
三、 装盘选择
为降低苗盘的基质湿度，装盘时基质不能装得过紧或过实。人工覆盖种子时，基质表面会凹凸不平，预防绿藻效果明显。
四、水源选择
选择干净卫生的水源，最好使用自来水或洁净的井水。水盘中发现绿藻及时清洗水盘并换水。
五、控肥处理
从源头抓起，选用合适的氮磷比营养液，一般氮磷肥的比例以 1: 0. 5 为宜。
六、通风处理
按照烤烟湿润育苗技术规范，对育苗棚经常进行通风降温降湿措施，甚至揭膜通风。
七、木炭粉抑制
在基质表面覆盖 1mm 厚的木炭粉，对藻类有较好的防治效果。