一、抑制烟苗正常生长
由于绿藻的快速生长，绿藻迅速覆盖基质表层，影响包衣种子发芽，甚至化苗。附于烟苗叶片及生长点上，会抑制烟苗的光合作用与呼吸作用，造成烟苗生长异常，严重时会造成死亡。若绿藻吸附烟苗根系，则不利于根系呼吸和对养分的吸收。同时，绿藻导致营养环境升温慢，不利于烟苗生长。
二、争夺烟苗所需养分
绿藻生长繁殖时，将消耗湿润育苗盘中营养，与烟苗争夺所需的氮、磷、钾等营养物质。
三、 污染水体
绿藻在生长过程中分泌的毒素严重危害烟苗正常生长，甚至造成水体发黑、发臭，水质恶化，降低了水体的使用功效。