1、水分管理
①出苗前：严格控制育苗池内营养液的深度，最高不超过2厘米，使基质充分吸收营养液，保持正常的水分、养分供给，确保出苗及时均匀。
②出苗——剪叶前：及时控制水分，池中水深保持1厘米，池中水干时并且基质表面开始出现干爽时，应及时补充水肥，但要注意补水肥不宜过迟，否则烟苗生长会受抑制。
③第一次剪叶后：用洒水壶喷洒营养液和水分，喷施的水分相应减少，目的是促进烟苗根系生长，形成发达根系。一般情况，晴天每日洒水1-2次，视天气状况而定。每次喷洒营养液的量以基质湿润但又不往下滴水为宜，水分不宜过多，以免降低基质的通气性，影响烟苗生长。
④成苗期：减少浇水次数和浇水量，以控制烟苗地上部生长，促进地下部根系发育，调节烟苗各器官平衡发展，提高烟苗移栽后对各种不良条件的抗逆性。以间断供水为主，拆除育苗池挡板，池底不能有水层，保证成茵时根系将基质全部包裹，控水的程度以烟苗中午发生轻微萎蔫，早晚能恢复为宜。一般配从移栽前10天开始间断供水、拆除育苗池挡板。
2、温度湿度管理
温度调控的技术方针是“防止高温烧苗的前提下，昼增加棚内积温”。早晚温度较低时应压实棚两侧薄膜以保温，中午棚内温度过高时应及时揭膜通风降温。
①温度的管理：
播种后，棚内温度保持在22℃，出苗期棚内温度最高不得超过35℃。
苗出齐后棚内温度夜间以13℃～15℃为宜，白天最高温度控制在28℃以下。最低温度不宜低于12℃；
大十字期前棚内最好保持28℃，大十字期后棚内最好保持32℃为宜。
如在极端低温天气下，为促进烟苗早生快发，要采用覆盖草帘或大棚营养池上架设小拱棚等措施进行双层以保温，要在低温寒潮天气到来之前，及时在棚内加盖一层薄膜进行保温。
出现霜冻、下雪等极端天气，还应在小棚膜外加盖稻草加强保温，要注意小棚不要采用破损薄膜，以免影响保温效果。
在温度回升时，要及时掀开小棚薄膜，打开大棚两头薄膜通风，防止气温骤升出现高温烧苗。在晴天而且温度相对较高的中午要及时进行通风排湿，降低棚内湿度，减少气生根数量及病害的发生。另外在气温偏低时，还可采取棚内架设电灯泡等辅助增温措施，促进烟苗生长。
②湿度的管理：湿度在湿润育苗中不是主要技术因素，但由于湿润育苗采用水面育苗，加之早晚盖膜升温，棚内湿度通常较大，有时在棚膜上会形成大量雾滴，滴落在育苗盘上损伤幼苗。此外，湿度过大盘面容易滋生苔癣等藻类生物，所以棚内湿度也不容忽视。一般每天中午棚外温度升起后可将两侧棚膜卷起通风排湿，让棚内相对湿度保持50～70为宜。