1飘浮育苗的优点：所育烟苗的生产效率高、烟苗生长整齐一致、根系发达、苗齐、苗壮，在很大程度上减轻了过去的苗期土传病害，以及低温、暴雨、冰雹等不良外界环境的危害。有利于育苗方式的工场化、专业化和规模化一，同时，水、肥管理操作简单，单位面积平均用工成本低，在烟叶生产中取得了较好的经济效益和社会效益。
2.飘浮育苗的缺点：育苗占地面积相对较大，育苗的成本和风险过高，育苗时间长，烟苗生长期延长，耗水量较高，培育的烟苗不耐干旱，其根系活力差，根毛少，根系发育易出现较多的水生根，栽后还苗期长，中、下部烤后烟叶身份偏薄、颜色较淡、油分和香气不足等问题。因此，在继承烤烟漂浮育苗技术优点的基础上，探索新的育苗方式显得尤为重要。
在管理上存在受外界环境条件尤其是温度变化的影响大，管理难度加大等问题。
在我国云贵川烟区，由于早春气温低，加上漂浮育苗的营养液中的水分吸热作用，导致了苗床温度显著低于气温，低温不利于烟种的萌发和烟苗生长，因此这是漂浮育苗技术在该地区不能够大面积推广的主要原因之一。