早春番茄育苗常出现播后不出芽或出芽不齐。番茄较耐寒，一般经浸种催芽后都能出苗。但有时播后温度较低，苗畦内较冷，种子可能暂时不出芽，待天气好转后仍能发芽。不发芽现象主要是长期低温，或播种时苗畦过干，没浇透水，喷水不足，水分被下部干土吸掉，形成“搁干”现象。一般播后7—8天不发芽就应查找原因，进行及时补救。
越夏番茄育苗处在5～7月份的高温季节，不利于植株的生长，而高温、干旱以及蚜虫的为害，又是病毒病及其他病害发生的重要条件，同时还伴有大风、暴雨的突然袭击，育苗过程较其他茬口番茄困难，稍一疏忽就会出现问题，所以应熟练掌握高温季节的育苗技术。
一.土面板结。
土面板结往往由两方面原因引起:
一是床土土质不好；另一方面是底水不足，腐殖质含量少，结构不疏松，很易发生板结现象。因此，在配制床土时，要用腐殖质含量多的堆肥、厩肥拌入床土中，播种后的覆土除了注意使用适宜的床土外，还需加入适量的细炉渣等，以防土面板结。
一般营养土配制办法:每个苗床填入干净无病的园田土，按40％～50％的比例掺入腐熟的堆肥或既肥，1立方米床土再混入过磷酸钙1千克，草木灰5～10千克。此外，浇足底水也是防止土面板结的措施之。播种前若底水充足，播种后至出苗前就不需要浇水。若底水太少，播种后床面干燥，浇水不当，易引起床面板结。如床土太干非浇不可时，可用水壶洒浇些水，切忌出苗前大水漫灌。
二、出苗不整齐。
一种情况是出苗的时间不一致，早出的大苗和迟出的苗相差几天。对已出土的秧苗必须及时揭去覆盖物，增加光照，降低苗床温度和湿度，防止徒长。对未出土的秧苗，还需保持较高的温度和湿度，以促进出苗。
这样在苗床管理上就会出现顾此失彼，而且以后在同一苗床内，秧苗大小不一致，温、湿度管理非常困难。
另一种情况是整个苗床内秧苗的分布不均匀，有的地方出苗过多，造成拥挤，有的地方出苗很少，造成苗床浪费。出苗时间不一致的原因主要是种子成熟度不一致，一部分不饱满的种子发芽势低，出苗缓慢或者由于新陈种子混合，新种子发芽势强，出苗快，陈种子生命力弱，发芽迟缓，或者由于种子催芽时温、湿度和空气不均匀，每粒种子的发芽程度不一致。
此外，覆土的多少也是出苗时间不一致的主要原因。造成同一苗床中出苗疏密不匀的原因，一是苗床不平，床内各点湿度不一致；二是播种技术不过关，种子播得不匀；三是床内环境条件不一致，一般苗床的中部温度较高，出苗早，成活率高；相反，苗床的周边位置出苗较迟。
解决出苗不整齐的问题，可以根据上述几个原因，采用发芽率高、发芽势强的种子，床土要整平，播种要均匀，覆土、覆盖的措施要尽量一致。
三.幼苗顶壳出土
发生幼苗顶壳主要有两个原因:一是种子贮藏过久，种壳过硬；二是种子成熟度不够，生命力低，幼苗出土时，无力脱壳。播种时底水不足或覆土太薄，种子尚未出苗，表土已变干，使种皮干燥发硬，往往不能顺利脱落；播种时，覆土太薄，或覆土太轻，压力太小，也会使幼苗戴帽出士。
防止戴帽苗出现的措施是:选用当年的新种子或存放1～2年的陈种，覆土不宜太轻太薄，若发现戴帽苗应及时覆一层细土。
四、出现闪苗、风溜苗和烧苗的原因及解决办法
越夏番茄育苗过程处在5～7月份，温度高，光照强，特别是晴天中午棚内温室常超过35℃，有时达40℃以上。棚温超过40℃就易烧苗。预防办法:适时加大通风量或采用遮阳网降温，一旦烧苗发生后，可结合浇水迅速降温，增加苗床土壤湿度，阻止烧苗继续发生。另外，随着苗龄增大和气温逐渐升高，应逐渐加大通风量，注意避免过猛揭除塑料棚，而发生“闪苗”和“风溜苗”