烤烟旺长期的主要虫害是烟蚜、烟夜蛾、棉铃虫、斜纹夜蛾，此外还多见斑须蝽（主要是黄淮烟区）、稻绿蝽（主要是南方烟区）、螽斯、负蝗（主要是浅山、丘陵区烟田）等，局部地区烟蛀茎蛾和烟潜叶蛾危害也较严重。
烤烟旺长期的天敌种类及其种群数量增加很快，烟叶烟进入采收期，因此需要协调化学防治与其他防治措施的关系，保护和发挥天敌的自然抑制作用是关键。
一、烤烟旺长至采收期烟夜蛾和棉铃虫的防治措施
1.雌性诱芯诱杀雄虫，其做法是于成虫发生初期每公顷设30个诱捕器，诱捕器为直径35～40cm的盛水器皿。器皿加水并少许洗衣粉，置于三脚架上，诱芯挂在距水面2～3cm处，诱捕器略高于烟株。每20d更换1次诱芯，并及时补足器皿中的水量。这种方法大面积（10hm2以上）连片使用效果好。
2.及时打顶抹权。
3.卵孵化至2龄幼虫危害期，优先选用生物制剂防治。可选用苏云金芽孢杆菌（8000IU/mg
）可湿性粉剂1.5～3.0kg/hm2、16000IU/g苏云金芽孢杆菌可湿性粉剂750～1500g/hm2、棉铃虫核型多角体病毒悬浮剂（20亿PB/mL）750～1125mL/hm2兑水喷雾。必要时可用化学制剂，可选用4.5％高效氯氰菊酯乳油337.5～562.5mL/hm2、2.5％高效氟氯氰菊酯乳油225～300mL/hm2、24％灭多威可溶液剂750～1255mL/hm、0.5％甲氨基阿维菌素苯甲酸盐乳油225～450g/hm2兑水喷雾。
注意轮换施用杀虫机制不同的有机磷类杀虫剂和拟除虫菊酯类杀虫剂，以延缓烟夜蛾和棉铃虫抗性种群产生。
二、烤烟旺长至采收期斜纹夜蛾的防治措施
1.产卵盛期人工摘除卵块，卵块多在烟株中下部叶片背面；孵化盛期时捕杀初孵幼虫。
2.及时清除田边杂草，减少虫源。
3.幼虫孵化盛期，每公顷选用斜纹夜蛾核型多角体病毒可湿性粉剂（10亿PIB/mg）600～750g或16000IU/mg苏云金芽孢杆菌可湿性粉剂750～1500g兑水喷雾。必要时每公顷用4.5％高效氯氰菊酯乳油337.5～562.5mL或0.5％甲氨基阿维菌素苯甲酸盐乳油225～450g兑水喷雾。
三、烤烟旺长至采收期食烟蝽类的防治措施
1.结合烟田管理人工捕杀成虫、若虫，摘除卵块；
2.必需施用药剂时，可选用的杀虫剂品种参见移栽至团棵期烟蚜防治部分。
四、烤烟旺长至采收期其他害虫防治措施
对人纹污灯蛾、食烟瓢虫、金龟甲、叶甲等一般不需要单独施药，必须施药时，可选用的杀虫剂品种参见烟夜蛾和棉铃虫防治部分。