黑胫病发病是由于土壤有益微生物减少，黑胫病病菌增加，因此关键就是增加土壤有益微生物，从而抑制黑胫病病菌。
研究表明:
施用含多粘芽孢杆菌的生物有机肥、烟草专用微生物有机肥，大幅降低黑胫病的发生率；
青霉菌灭活菌丝体作为有机肥在田间施用，可以显著提高烟草的叶面积、茎围和产量，对烟草黑胫病都具有很好的防治效果；
研究发现大蒜和烟草轮作可以减轻田间烟草黑胫病的发生危害，大蒜根系分泌物可以干扰烟草黑胫病菌孢子在土壤中的传播侵染行为，并能分泌苯并噻唑和多种含硫化合物抑制烟草黑胫病菌菌丝的生长；
与玉米轮作，玉米根系既能吸引游动孢子，又能分泌对烟草疫霉菌具有抑制活性的苯并噁嗪类化合物，减轻黑胫病的发生。
整体来说，多施用含有益微生物的生物菌肥，与大蒜、玉米等非茄科植物轮作，都可以很好的预防黑胫病的发生。